Los principios fundamentales que tuvo SER desde su creación, son aún vigentes, pero también los hemos ido adecuando de acuerdo a los tiempos y las circunstancias, en ese sentido nuestra misión la hemos definido de la siguiente manera:

"Constribuir a la reconstitución y al desarrollo integral autonómo del Pueblo Mixe en el marco de nuestra cultura y con pleno respeto a la naturaleza, mediante la capacitación, animación y organización generalizada en el ámbito político, jurídico, económico, cultural y social.

Participar activamente en la consolidación estatal y nacional del movimiento indígena mexicano, para impulsar articuladamente las reformas políticas y jurídicas del Estado Mexicano como base de la nueva relación entre nuestros pueblos, el estado y la sociedad en general. En la medida de lo posible, articularnos también con el movimiento indígena internacional."